История клуба ведет отсчет с 1990 года. Четыре сезона спустя «Флора» завоевала первый чемпионский титул в Мейстрилиге. Впоследствии этот успех был повторен еще восемь раз (1994/95, 1997/98, 1998, 2001, 2002, 2003, 2010, 2011). Также команда пять раз побеждала в Кубке страны (1994/95, 1997/98, 2007/08, 2008/09, 2010/11).

Наиболее известными футболистами, игравшими за команду, являются Андреас Опер, Март Поом и Рагнар Клаван.
Домашние матчи таллинская дружина проводит на «А Ле Кок Арене», вмещающей 9300 зрителей. Официальные цвета — белый и зеленый.